1869（明治2）年、北海道に新たに開拓使の設置がなされた。開拓使は、開拓行政と地方行政に当たるもので、中央官庁と地方官の性格をあわせもち、やがて全道を一元的に統治した後、1882（明治15）年に廃止となった。開拓使の行政は、全道を数区分して支庁を置くという体制であった。このうち函館支庁（当初名称は開拓使出張所、また函館出張開拓使庁）は、北海道南部（渡島半島部）を管轄する。函館が開港地であったことから外国領事との応接事務もあり、外事課を設けた。このことから外交関係文書が豊富に残されている。また開拓長官が東京出張所に常駐したため、函館出張所が事実上の本庁として機能していた。その後、いくつかの変遷を経て、1886（明治19）年に北海道庁が設置され、北海道の開拓と地方行政は再び一元化された。
　本文書群は大別すると、開拓使函館支庁文書（改称以前のものを含む）、同東京出張所文書、函館県文書、札幌県文書、北海道庁第五部文書に分けられる。

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